Balai Besar Teknik Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit (BBTKLPP) Yogyakarta merupakan Unit Pelaksana Teknis di Lingkungan Kementerian Kesehatan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Direktorat Jenderal Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan, sebagaimana ditetapkan dalam Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 2349/Menkes/PER/XI/2011 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Bidang Teknis Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit. Keputusan ini dikeluarkan dengan pertimbangan adanya perubahan pada organisasi dan tata kerja Direktorat Jenderal Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan sehingga perlu dilakukan penyesuaian pada Unit Pelaksana Teknis di bawahnya. Perubahan ini juga mengingat Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 1144/Menkes/Per/VIII/2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Kesehatan.
Berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 2349/ Menkes/ PER/ XI/ 2011 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Bidang Teknis Kesehatan Lingkungan dan Pengendalian Penyakit, BBTKLPP Yogyakarta mempunyai tugas melaksanakan:
Dalam melaksanakan tugas BBTKLPP Yogyakarta menyelenggarakan fungsi: